藤森神社の境内には「京都歩兵連隊跡」の石碑が建つ。戦前には、藤の森神社東側の丘陵には京都で編成された歩兵連隊の駐屯地があった所である。

	ここから出征した連隊は、歩兵第９連隊は、明治７年（１８７４）に設立され、赫々たる武勲をたてるが、太平洋戦争末期のレイテ島の守備戦で、優勢なる米軍主力の反攻を受け玉砕し、光輝ある聯隊の歴史を閉じた。時、昭和１９（１９４３）年１２月８日である。

歩兵第１０９連隊は昭和１３年（１９３８）に編成され、中支（中国の中央付近）に出動し、長期にわたり揚子江中流地域の警備にあたった後、現地にて終戦を向える。

太平洋戦争末期に動員された連隊に、歩兵第６０連隊は、インパール作戦に従軍し、無能な指揮官の為ほぼ全滅に近い損害を出す。

歩兵第１２８連隊は、ビルマの各戦線にてジャングルを彷徨い、歩兵第６３旅団は、沖縄の決戦にて玉砕をし、独立守備歩兵第３５大隊は、ミンダナオ島に籠もり戦った、各連隊もここから出征している。

碑文には、

『藤の森神社東側の台上は、５０年にわたり郷土歩兵聯隊が駐屯し、
１０万をこえる将兵が苦楽を共にし、生死をを誓い、
日夜修身練武に精進した深草兵営の跡である。

歩兵第９聯隊は明治建軍に当たり　明治７年に創設せられて大津にあった
これを母隊として明治２９年歩兵第３８聯隊が編成され、
翌３０年７月この兵舎の竣工をまってこの地に屯した。
大正１４年５月、軍制改革により歩兵第３８聯隊は奈良に移駐、
以来歩兵第９連隊主力がここに駐屯することになった。

歩兵第９、第３８両聯隊は、明治３７・８年の日露戦争に出征、
第４師団に属して満洲の金州・南山・遼陽・奉天の諸会戦に参加して
赫赫たる武勲をたてた。
満洲事変にさいしては、京都第１６師団の隷下にあって北満の警備に任じ、
ついで昭和１２年支那事変勃発するや北支・中支に転戦し、南京城を陥れ、
徐州に戦い、長駆大別山を突破して武漢攻略戦に不朽の戦績をのこした。
歩兵第９聯隊は、
昭和１６年大東亜戦争の劈頭比島に敵前上陸してバターン半島を席捲、
マニラ攻略の後主力をもってレイテ島を守備していたが、
優勢なる米軍主力の反攻を受け死闘数十日、
ついに聯隊長以下全員軍旗とともに玉砕し光輝ある聯隊の歴史を閉じた。
時、昭和１９年１２月８日

歩兵第１０９聯隊は、
昭和１３年この地において編成され中支に出動、
長期にわたり揚子江中流地域の警備に任ずるほか、湘江の激戦に参加し、
幾度か敵の重囲に陥りながらよく奮戦力闘を重ね、
終戦とともに矛を収めて内地に帰還した。

このほか大東亜戦争の戦局いよいよ熾烈を極めるにしたがい、
この兵営（通称中部第３７部隊）において或は動員され、
或は兵員を補充された諸部隊は数多くあったが
そのうち主なものを列挙すれば、
インド・インパールに進攻した歩兵第６０聯隊（祭）、
ビルマの各戦線に苦闘した歩兵第１２８聯隊（安）、
沖縄にその最期を飾った歩兵第６３旅団（石）、
ミンダナオ島に戦った独立守備歩兵第３５大隊（幸）、
本土防衛に任じた護京・比叡・山城諸兵団の歩兵聯隊等である。

顧みれば、これら諸隊の将兵がこの兵営をあとに出陣するにさいし、
戦勝と武運の長久を祈願したのはこの藤の森神社であった。

今や時は移り星は流れて幾春秋、かつての勇壮なる軍歌の響きも絶えて久しく、
懐しき兵営の面影も過去の帳のうちに消え去らんとしている。
しかしながら、祖国を愛し、祖国を護り、
進んで国難に殉じた郷土部隊の栄光ある歴史と
名誉ある伝統とは永遠に後世に伝えられるべきである。

時あたかも明治百年を迎えるに当たり、
ここに京都歩兵聯隊関係者一同あい図り、
由緒深きこの地を史跡として先人戦友の遺勲を顕彰して長くその功を讃え、
陣没した幾多の英霊を慰めるとともに、
国運の隆盛と世界平和とを祈念して思い出多き聖域にこの碑を建てるものである。

昭和４３年４月１８日
京都歩兵聯隊跡記念碑建設会』

とある。